Conflans a été habitée dès l’époque néolithique. En effet, on y a découvert en 1872 une allée couverte qui a été transportée au musée d’archéologie nationale de Saint-Germain-en-Laye, et en 1882, une sépulture mégalithique près de la première gare de Conflans, dans le quartier Fin-d’Oise.

876 : Des moines venus de Graville, près du Havre, déposent à Conflans les reliques de Sainte Honorine afin de les soustraire au pillage des Normands. À cette époque, au Moyen Âge, Conflans est un village protégé par un château fort en bois installé sur l’éperon calcaire qui domine la Seine, à un peu plus d’un kilomètre en amont du confluent.

1080 : Le prieuré est fondé par des moines venant de l’abbaye du Bec-Hellouin en Normandie pour abriter les reliques de Sainte Honorine. Il devient un centre de pèlerinage pendant sept siècles. L’une des principales ressources du prieuré et du seigneur de Conflans provient du « droit de travers » perçu sur les bateaux naviguant sur la Seine. Le seigneur de Beaumont édifie à la fin du XIe siècle le château de pierre appelé tour Montjoie, qui revient ensuite à la famille de Montmorency. Les derniers moines disparurent aux XVe et XVIe siècle.

1855 :La vocation batelière conflanaise suit la canalisation de la Seine avec notamment l’immersion, entre Paris et le confluent, d’une chaîne servant au touage des trains de péniches. L’obligation pour les bateliers d’y faire étape pour constituer les convois, génère de multiples activités.

1877 : La gare ouverte à Fin-d’Oise permet aux Parisiens de venir en villégiature. Puis, en 1892, celle créée sur la nouvelle ligne Argenteuil-Mantes, plus proche du village, facilite les échanges commerciaux et la création de nombreux lotissements, surtout à Chennevières.

1920 : L’industrie arrive à Conflans, principalement avec l’installation de l’usine des LTT, fabricant de câbles télégraphiques et téléphoniques. Après la disparition de cette société en 1985, des activités diversifiées se développent.